La maga aprendiz Chise Hatori es invitada a inscribirse en el Colegio, una prestigiosa institución de aprendizaje para hechiceros, para examinar y buscar una manera de eliminar las maldiciones que lleva. A pesar de la desgana de su novio, Elias Ainsworth, Chise acepta la propuesta, ya que cree que asistir a la escuela podría ayudarla a minimizar sus tendencias de sacrificio.

Desde el principio, Chise capta la atención tanto de sus compañeros de clase como de sus profesores, quienes nunca antes habían visto a un mago en acción. Sin embargo, se está gestando un siniestro complot a espaldas del Colegio, y el joven mago tendrá que determinar quién es amigo o enemigo para poder detenerlo.